Program unggulan
Al-Qur’an (Tahsin dan Tahfiz)
Tahsin dan Tahfiz merupakan dua cabang ilmu yang tidak bisa dipisahkan, karena objek dari keduanya sama yaitu al-Qur’an. Algebra IIBS tidak hanya mewajibkan para santri mempunyai hafalan Qur’an, namun juga harus mempelajari bagaimana pengucapan yang benar dan tajwidnya.
Kitab Turats/Kitab Kuning
Keberadaan kitab turats/kitab kuning, khusus di kalangan pesantren di samping sebagai pembeda antara kurikulum pendidikan umum dan pesantren, juga sebagai ruh dalam pesantren.
Bahasa Arab
Bahasa Arab di pesantren seperti jantung bagi seorang santri, karena tanpa bahasa Arab santri tidak bisa memahami Kitab Kuning. Bahasa Arab sebagai bahasa sehari-hari yang akan digunakan di pesantren Algebra IIBS.
Bahasa Inggris
Pesantren Algebra IIBS menerapkan program Cambridge sebagai dasar kurikulum Bahasa Inggris. Assessment langsung akan dilakukan secara resmi dengan pihak Cambridge baik pada jenjang SMP atau SMA untuk mengukur tingkat pemahaman para santri.
Islamic Studies
Penekanan kurikulum kepesantrenan adalah pendalaman Islamic Studies. Para santri akan fokus kepada materi-materi wajib keislaman, diantaranya : Aqidah, Ushul Fiqh, Fiqh, Hadis dan Ilmu Hadis.
Leadership
Ilmu kepemimpinan sangat diperlukan di era yang sangat mengglobalisasi saat ini. Maka dari itu, salah satu program unggulan Algebra IIBS adalah mempelajari ilmu kepemimpinan dari ahlinya.
Science dan Pengembangan bakat
Pada dasarnya, setiap santri memiliki minat yang berbeda. Algebra IIBS merancang 70% waktu para santri dikerahkan sesuai dengan pengembangan bakat para santri.
Information dan Technology (IT)
Keilmuwan di bidang IT sangat diperlukan pada saat ini, mengingat zaman yang semakin canggih dan maju, segala hal bisa dilakukan secara instan dan memerlukan pengetahuan di bidang IT. Maka, Algebra IIBS juga merancang santri untuk unggul di bidang IT.