Adapun Konsep Pembelajaran SMP Algebra International Islamic Boarding School Sebagai Berikut :

Tahfidz dan Tahsin 

Algebra IIBS menargetkan setiap tahun santri hafal 3 juz al-Qur’an. Sehingga, bagi santri yang masuk dari SMP dan melanjutkan ke jenjang SMA bisa menguasai 18 juz. Dengan bekal hafalan tersebut, santriwan dan santriwati Algebra IIBS memiliki bekal dan potensi untuk melanjutkan pendidikan di luar negeri terutama di timur tengah.

Metode al-Muyassar

Pesantren Algebra IIBS menggunakan metode al-Muyassar dalam sistem belajar mengajar pembelajaran Tahfidz al-Qur’an. Metode ini menekankan konsep talaqqi sebagai upaya untuk mempermudah dan mempercepat santri dalam menghafal dan muraja’ah al-Qur’an, terutama untuk para santri yang masih mengalami kesulitan dalam mengahafal. Metode ini terdiri dari 3 tahapan pokok, yaitu murajaatul qarib, hifdzul jadid dan at-tahdhir.

Pendalaman Bahasa

Santri Baru diwajibkan memakai bahasa asing, yaitu Bahasa Arab dan bahasa Inggris. Target setahun pertama Santri sudah bisa berkomunikasi menggunakan bahasa Arab dan bahasa Inggris. Santri akan menggunakan berbagai pendekatan untuk menguasai berbagai aspek bahasa.

Pengembangan Bakat

Seluruh santri di pesantren Algebra IIBS akan dikembangkan bakat sesuai dengan potensi masing-masing khususnya dibidang jurnalistik, karya tulis,progammer atau desainer dan bakat minat lainnya.

Pendidikan Kepemimpinan dan Pengkaderan

Sesuai dengan tujuan Algebra IIBS, yaitu unggul dalam bidang kepemimpinan dan pengkaderan, Algebra IIBS mencetak generasi muda yang siap menjadi pemimpin masa depan. Maka dari itu, pendidikan kepemimpinan dan pengkaderan menjadi program unggulan yang akan dikembangkan oleh Algebra IIBS,Santri akan diberikan pelatihan dan motivasi dari tokoh-tokoh yang sudah berhasil dibidangnya sehingga memberi motivasi kepada santri untuk memiliki kebaranian , percaya diri, tanggung jawab, dan mimiliki visi yang jelas untuk mewujudkan cita-cita mereka.